Arany János révén országos gyűjtő funkciót tölt be, egyes néprajzi tárgy-együttesek gyűjtése is túlhaladja a tájmúzeum határát. Az Arany János Múzeum klasszikus gyűjteményekkel rendelkezik.
Legnagyobb a régészeti (mintegy harmincezer darab), néprajzi (négyezer), történeti tárgyi (kétezer), iparművészeti (félezer), képzőművészeti (ezer) gyűjtemény mellett az irodalomtörténeti (ezerhétszáz), történeti dokumentációs (harmincezer) gyűjtemény. A szakkönyvtár 18.300 kötetes, az adattár 19.000 fóliós, s a fotótár 28.000 felvételt tartalmaz. Az Arany János Múzeumban régészeti, néprajzi, történeti és irodalomtörténeti kutatások folynak, az egyes szakmuzeológusok tudományos érdeklődésének, valamint helyi és regionális terveknek megfelelően. Számos tudományos cikk tanulmány és önálló mű készült el.